La Grande mosquée de Tlemcen était la seule mosquée de Tlemcen dotée d'une Maqsura, (en arabe مقصورة). Il s'agissait seulement d'une zone privée entourée d’une clôture en bois décorée et qui communiquait avec l’extérieur par une porte dite « du Sultan », aménagée dans le mur d'El Qibla. Donc, cette clôture délimite un espace clos (petite pièce), de petite taille qui servait d’emplacement au rois, au prince et à ses dignitaires et leur permettait de suivre la prière du Vendredi sans se mêler à la populace et courir des risques pour leurs vies. El Maqsura pouvait aussi servir à des réunions politiques et à caractère religieux.

L'ancienne Maqsura de la Grande Mosquée de Tlemcen existait jusqu'au milieu du XIXe siècle et un important fragment en a été transporté au musée de la ville. Il date de l'époque Almoravide_XIe et porte une inscription où on pouvait lire la date de Ramadan 533 (1138 de l'ère cheritienne) sur laquelle certains l'ont liée faussement avec la date de sa fondation qui en réalité date de 1080 de l'époque de l'Emir des Musulman Youcef Ibn Tachfine et non pas de son fils le prince Ali..

Contrairement aux autres villes musulmanes, à Tlemcen le nom d'El Maqçoura signifiait "chambre des morts" car la coutume veut que, aux enterrements qui ont lieu le vendredi et les jours de grandes fêtes, on introduise le brancard funèbre dans cette salle pour que l'imam fasse sur le cadavre la prière des funérailles. Le plan général extérieur de la Grande Mosquée de Tlemcen a été remanié suite à l'emplacement de l'ancienne place Saint Michel (Place de la Marie) ce qui expliquerait la confusion entre la pièce reservée à l'imam et El Maqsura...Ceci à prendre en considération.